В связи с реорганизацией, проводимой в структуре Сибирского таможенного управления, расширился регион деятельности Бурятской таможни. Так, в 2000 году присоединена Мондинская таможня, в 2009 году – Наушкинская таможня, а с 2011 года – Северобайкальский таможенный пост, который с 2001 до 2011 относился к Братской таможне.
В настоящее время в структуре таможни 30 отделов, 17 отделений и 6 таможенных постов, три из которых являются пограничными: таможенные посты – МАПП Кяхта, ЖДПП Наушки, ДАПП Монды. Перемещение товаров через таможенную границу осуществляется через четыре пункта пропуска, из которых – два автомобильных, железнодорожный и воздушный. В таможне трудятся более 500 человек.
Таможня вносит весомый вклад в федеральный бюджет, обеспечивает скорейшее прохождение грузов, противостоит незаконному перемещению через государственную границу наркотиков и оружия, является надежным защитником интересов России на российско-монгольском участке границе. Из года в год растет товарооборот со странами ближнего и дальнего зарубежья. За 25 лет должностными лицами таможни было оформлено 157 тыс. грузовых таможенных деклараций, товарооборот по которым составил более 9 млрд. $.
Бурятская таможня гордится своей историей и с уверенностью смотрит в будущее.
Пресс-служба СТУ